Nykyiset kaupalliset gm-lajikkeet joko tuottavat itse hyönteismyrkkyä tai sietävät rikkaruohomyrkkyä. Kummassakin tapauksessa itse syötävä kasvi sisältää enemmän myrkkyjäämiä kuin perinteinen tuote.
Joskus gm-lajikkeet ovat jääneet alttiimmiksi esimerkiksi sienitaudeille, jolloin kasvissa on tavanomaista enemmän sienimyrkkyjäämiä.
Geenimuunneltujen kasvien turvallisuutta täytyy testata monilla kokeilla ennen kuin ne voidaan säädöksien mukaisesti päästää markkinoille. Tämä on käytännössä lisännyt eläinkokeita.
Tieteellisissä tutkimuksissa esimerkiksi sian suolistosta on gm-rehulla ruokinnan jälkeen löytynyt muuntogeenien palasia. Lehmän maidosta voidaan selkeästi havaita, onko tuotannossa käytetty muuntogeenistä rehua. Hiirillä gm-ruoan haittoja on havaittu seuraavissakin sukupolvissa.
USA:ssa gm-kasveja on sekoitettu ruokaan 10 vuotta, mutta mitään seurantaa terveysvaikutuksista ei ole. On siis käynnissä maailman huonoiten suunniteltu ihmiskoe. Turvallisuutta ei ole luotettavasti todistettu.