Säädöksien mukaan geenimuunneltujen kasvien turvallisuutta täytyy testata monilla kokeilla ennen kuin ne voidaan "turvallisesti" päästää markkinoille. Tämä on käytännössä lisännyt eläinkokeita.
Geenitekniikkaa käytetään geenimuuntelun lisäksi nykyään myös hyvin paljon perustutkimuksessa. Eläinkokeita on lisännyt ennen kaikkea geenien mallinnus eli kun halutaan tietää, miten kukin geeni toimii.
Kuten eläinkokeista yleensä, myös geenimuuntelun turvallisuustestauksien yhteydessä pohditaan usein, onko koejärjestelyt tehty vakuuttavasti ja ovatko eläimillä testatut tulokset päteviä pohdittaessa ihmisiin liittyviä riskejä.
Kun LSO alkoi tuoda Suomeen gm-rehua suuressa mittakaavassa elokuussa 2007, monet hätkähtivät siihen, että tuotantoeläimille tosiaan tuodaan valtavat määrät rehua hyvinkin kaukaa.
Brasiliassa tuotetaan paljon rehua ja suurilla alueilla soijantuotannon tieltä hävitetään metsäalueita. Suomessa on paikoittain herätelty härkäpavun uutta tulemista valkuaiskasvina.
Yhdysvalloissa on kehitetty gm-lohi, mutta muuntogeenisten eläinten kasvatusta vastustetaan vielä niin paljon, ettei niitä luultavasti tule lähivuosina markkinoille. Gm-lohi on jalostettu nopeasti kasvavaksi ja on hyvin agressiivinen. Gm-lajikkeista on erityisen paljon vaaraa, jos niillä luonnonlajeihin verrattuna jokin kilpailuetu, mikä auttaa niitä leviämään.
Niin geenimuuntelun puolustajat kuin vastustajatkin esittävät usein sellaisen näkökulman, että tehotuotanto huipentuu geenimuunteluun. Geenimuuntelu on houkutteleva väline, kun halutaan lisätä maatalouden "tehokkuus" huippuunsa. Toiset ovat kuitenkin sitä mieltä, että tehokkuuden lisääminen, erityisesti eläintuotannossa, ei ole kehitykselle oikea suunta. Siitä, voidaanko geenimuuntelulla saavuttaa täsmäratkaisuja, ollaan myös montaa mieltä.