Muuntogeenit ovat muokattu virusmaisiksi, jotta ne pystyvät tarttumaan uuden isäntäeliön DNA:han. Luonnon geenit siirtyvät lajista toiseen vain hyvin harvoin, mutta muuntogeenit voivat tehdä tämän helpommin. Geenimuuntelulla siis edistetään mutaatioiden syntymistä, joista osa voi olla hyvin haitallisia.
Sama geneettinen koodi toimii koko maapallolla. Tieteellisissä kokeissa on huomattu, että gm-kasvista siirtyy toimivia antibioottiresistenssigeenejä maaperäbakteeriin. Bakteereiden elintapoihin kuuluu, että ne kokeilevat, olisiko heidän hajottamansa DNA:n geeneistä heille jotain hyötyä. Maaperän lisäksi esimerkiksi ihmisen suolistossa on valtava määrä aktiivisia bakteereita, jotka voivat ottaa muuntogeenejä käyttöönsä.
Geenimuuntelu on uusi tekniikka ja siksi sen riskeitäkin on vaikea saada tietoa. Voi ilmetä riskejä, joita ei olla osattu ajatella. Näin on historiassa käynyt esimerkiksi radioaktiivisuuden ja DDT:n kanssa. Monet tutkijat haluavat korostaa, että geeneistä ei tiedetä vielä riittävästi. Esimerkiksi Elena Alvares on tutkimuksissaan havainnut, että geenin sijainnilla on yllättävän voimakas vaikutus tuotettuihin ominaisuuksiin.
Riskitason hyväksyminen on aina poliittinen päätös. Yksittäisen geenimuunnellun kasvin aiheuttamia riskejä on hyvin vaikea arvioida. Riskien todennäköisyys riippuu esimerkiksi siitä, kuinka "vakaa" lajikkeesta on saatu jalostettua.
Myös jotkin geenimuuntelun puolustajat toteavat gm-lajikkeiden tuottamisen olevan hidasta ja kallista. Tähän toki vaikuttaa se, mikä sovellus on kyseessä ja kuinka paljon turvallisuustutkimukset maksavat. Kalliit turvallisuustutkimukset ovat yksi syy siihen, että gm-lajikkeita kehittävät ennen kaikkea suuryhtiöt. Turvallisuustutkimuksia täytyy kehittää. Tämän hetkiset eivät välttämättä havaitse esimerkiksi sitä, jos siirtogeenistä on tullut vastaanottajaeliöön useampi kopio tai ylimääräisiä pieniä pätkiä. Nämä voivat kuitenkin vaikuttaa perimän toimintaan erilaisissa ekosysteemin olosuhteissa merkittävästikin, todetaan Biosafety firstissä.
Geenimuuntelua tekevissä yrityksissä on todettu, että juuri vakaus on markkinoille saamisenkin kannalta gm-lajikkeiden suurimpia haasteita. Jotkut ovat todenneet, että merkkigeeniavusteinen jalostus on gm-tekniikkaa kannattavampi tapa.
Esimerkiksi gm-soijapavusta on markkinoille tullut uusia lajikkeita huomattavasti harvemmin kuin tavanomainen jalostus saisi aikaan ja siksi myöskään satotasot eivät ole laajoilla alueilla pysyneet entisenlaisessa nousussa. Perinteisellä jalostuksella on esimerkiksi riisissä saatu aikaan gm-tekniikalla haviteltuja ominaisuuksia nopeammin ja myös perinteistä jalostusta voidaan edelleen huimasti kehittää.
Monsanto-yhtiöllä sen sijaan on huimat tavoitteet siitä, kuinka paljon gm-siemenien käyttö tulee lisääntymään. Koska gm-siemen on aina ostosiementä, tavoitellut voitot ja vaikutusvalta ovat myös huimat.
Gm-aines kulkeutuu esimerkiksi siitepölyn mukana jopa tuhansien kilometrien päähän. Geenimuuntelu aiheuttaa kuitenkin sitä enemmän uhkia, mitä enemmän ja mitä lähempänä geenimuunneltuja organismeja käytetään. Siksi gmo-vapaat alueet ja suojavyöhykkeet ovat perusteltuja. Monsantokin on todennut, että suojavyöhykkeiden pitäisi olla satojen metrien pituisia. Geenitekniikan alkuperäiset kehittäjät totesivat, että tekniikkaa pitäisi hyödyntää vain laboratoriossa.
Gm-yritykset tekevät vain lyhytkestoisia turvallisuuskokeita, koska ne ovat halvempia. Muuntogeenien aiheuttamat haitat eivät usein ennätä ilmetä. Esimerkiksi ranskalainen tutkija Gilles Eric Séralini on perännyt ylisukupolvisia tutkimuksia ja myös pidempi-ikäisillä jyrsijöillä, kuten tehdään kemikaalien toksikologisia vaikutuksia tutkittaessa.
Osa niistäkin tutkijoista, jotka pitävät geenitekniikkaa lupaavana, myöntävät nykyisten gm-lajikkeiden viljelyn aiheuttavan ongelmia. Luonnontieteilijöiden työn tuloksilla on usein yhteiskunnalle vaikutuksia, joita he eivät ole osanneet odottaa. Siksi tarvitaan yhä tiiviimpää yhteistyötä eri alojen välillä.
Tuore raportti kertoo, miten valtavia ongelmia gm-puuvillan viljely on aiheuttanut Intiassa. Viljelijöiden itsemurhat eivät ole uusi ilmiö, mutta gm-puuvillan aiheuttamat satotappiot ovat kärjistäneet ongelmia entisestään.
Esimerkiksi tunnettu tutkija-aktivisti Vandana Shiva on nostanut voimakkaasti esille suuryhtiöiden, esimerkiksi Monsanton, pelottavat tavoitteet patentoida ruokakasvien siemenet ja tätä kautta omistaa koko ruokatuotannon pohjan.
Etelä-Amerikassa huijaavan markkinoinnin avulla saatiin viljelijät siirtymään ennen kaikkea gm-soijan viljelyyn. Piilokustannukset ovat kuitenkin kohtalokkaita maaseudulle ja sen ihmisille.
Ilmastonmuutoksen myötä maatalous kohtaa yhä suurempia haasteita kehittää sopivia viljelykasveja. Jalostukseen tarvitaan monipuolinen geenivaranto, mutta sekä tuotanto, että villikasveja voivat uhata esimerkiksi ärhäkästi leviävät muuntogeenit.
Uusien tuholaisten ilmetessä, voi joku lajike muuttua kelvottomaksi tuotannon kannalta. Jo tällä hetkellä maailman ruokatuotanto perustuu pelottavan pieneen määrään lajikkeita ja gm-lajikkeiden markkinoijat pyrkivät edelleen pienentämään valikoimaa ja hallitsemaan markkinoita.