Elintarvike- ja rehukäyttöön on hyväksytty maailmalla kymmeniä gm-kasveja. EU:ssa on kaupallisessa viljelyssä vain koisankestävää gm-maissia (n. 108 000 ha). Evira tiedottaa näistä suomeksi. Euroopan unionin neuvosto päätti äskettäin vaatia tarkempaa perehtymistä lajikkeiden turvallisuuteen.
Usein todetaan, että jokaisen gm-lajikkeen turvallisuus on tutkittava erikseen. Esimerkiksi ESGEMO-ohjelman työpajan keskustelussa gmo-puolustajat eivät pitäneet hyväksyttävänä kritisoida geenitekniikkaa sinänsä.
Suomeen luultavasti ensimmäisenä viljelyyn tulevassa gm-tärkkelysperunassa on ehkä vain 1 % enemmän tärkkelystä kuin tavanomaisesti jalostetuissa ja ne menevät paperiteollisuuden käyttöön.
Mitä suuremmat suojaetäisyydet, pidemmät viljelykiertovaatimukset ja tarkempi jääntikasvien poisto gm-kasveille tehdään, sitä enemmän syntyy lisäkustannuksia tavanomaisien lajikkeiden viljelyyn verrattuna. Näin toteaa esimerkiksi MTT:n gm-perunaan liittyvä kustannustutkimus.
Soija, maissi ja rapsi ovat niin ikään koko maailmassa, puuvillan lisäksi, viljellyimpiä geenimuunneltuja kasvilajeja. Niihin muuntogeenein lisätyt ominaisuudet ovat jonkun tuhohyönteisen kestävyys (Bt) ja glyfosaatti-rikkatorjuntamyrkyn kestävyys. Nämä lajikkeet on kehitetty helpottamaan suurviljelijää, joka on valinnut kemikaaleja hyödyntävän tuotantotavan.
Kuluttajia hyödyttäviä gm-lajikkeita ei oikeastaan ole. Tutkija David Schubert korostaa, että ne gm-kasvit, joihin on lisätty muun muassa vitamiinin tuottoa tai sovellettuja rasvahappoja, ovat erityisen alttiita perimältään muuntumaan edelleen suolistossa tai muualla elimistössä. Näin voi syntyä ja on syntynyt esimerkiksi ihmiselle yllättävästi myrkyllisiä yhdisteitä.
Jotkut gm-yritykset ovat tuoneet esiin, että Bt-maissi pysyy myrkkytuotantonsa takia muita maisseja vapaampana varastotuholaisista ja on siten terveellisempää. Toisaalta Bt-maissin sisältämän torjunta-aineen terveellisyydestä on kriittisiä tutkimuksia. Bt-myrkyn on havaittu säilyvän ekosysteemissä pitkään. Myrkyn tuotannon määrässä on havaittu jopa 50-kertaisia eroja.
Gm-soijan viljely on riippuvaista rikkatorjunta-aineiden käytöstä ja kannattavinta suurilla pinta-aloilla. Sen viljely on esimerkiksi Etelä-Amerikassa levinnyt valheellisten lupauksien avulla.
Gm-papayan markkinoille tuloa on vastustettu. Sitä kuitenkin myydään nyt Yhdysvalloissa, Kanadassa ja Kiinassa. GM-kesäkurpitsa on hyväksytty viljelykasvi vain Yhdysvalloissa. Kanadassa se on sallittu rehukäyttöön. Muuntogeenisen riisin ja sinimailasen tuotanto käynnistyi joissakin maissa vuonna 2006.
World Rainforest Movement on julkaissut tuoreen maakohtaisesti lajitellun raportin geenimuunnelluista puista. Kaupallisia sovelluksia on kaksi: Havaijilla viruskestävä papaija ja Kiinassa hyönteiskestävä poppeli. EU:ssa on tällä hetkellä vireillä muutama muuntogeenisiä puita koskeva kenttäkoehakemus, mm. bioenergian tuotantoon jalostettu poppeli ja viruskestävä luumu.
Kumpikaan kahdesta käytetyimmästä metsäsertifikaatista ei hyväksy geenimuunneltuja puulajikkeita. Suomessa Joensuun yliopisto on silti halunnut koeviljellä geenimuunneltua koivua. Tutkijat väittävät, että koska koivu on jalostettu kukkimattomaksi, siitä ei synny ympäristöhaittoja. Kukkimaton koivukin sisältää muuntogeeniä kaikissa soluissaan ja esimerkiksi maaperäeliöt voivat kuljettaa gm-ainesta.